Altar mayor
Retablo de estilo gótico hispano flamenco, del siglo XV (1487-1492), cuyos artífices son Pedro Díaz de Oviedo y Diego del Águila.
Es un encargo del Cabildo y los parroquianos de San Julián y Santa María para ser colocado en el altar mayor, sustituyendo a la Virgen Blanca. La primera tabla encargada es el Ecce Homo, que se encuentra en el banco en posición central.
Las características pictóricas son el empleo del oro, detallismo y minuciosidad y en este caso en concreto, monumentalidad evidente de las figuras representadas.
Se compone de sotobanco, predela, cinco calles y guardapolvos. Las calles están separadas entre sí por esbeltos pináculos de tracería flamígera.
La calle central tiene en la parte inferior una hornacina con la única imagen en bulto redondo del retablo, la Asunción de la Virgen, que no corresponde con la fecha dada para las tablas del retablo, ya que es una imagen barroca de principios del XVII.
Respecto a la iconografía, el cuerpo del retablo se dedica a la vida de la Virgen y el banco a la pasión de Cristo. En el sotobanco se representa a San Pedro y San Pablo, y doce medallones con los retratos de los doce apóstoles. En el guardapolvo aparecen representados diferentes profetas.
Este retablo ha sido recientemente restaurado, finalizando las obras en Noviembre de 2000, con lo que podemos apreciar la obra en toda su plenitud de color y brillo, que había ido perdiendo a lo largo de sus años de vida. La labor y la intervención de los restauradores ha sido fundamental para sacar a la luz detalles dados por perdidos y para llevar a cabo una investigación profunda de la obra.
En el lado izquierdo se encuentran las cadenas que Sancho VII se trajo de la batalla de Tolosa con la siguiente inscripción:
CADENAS Q(UE) DIO A ESTA IGL(ESI)A EL S(EÑO)R REY D(ON) SANCHO EL FUERTE Y VIII (en realidad es VII) DE NAVARRA DE LAS Q(UE) ROMPIO DE LA TIENDA DE MIRAMAMOLIN EN LA BATALLA DE LAS NAVAS DE TOLOSA AÑO 1212.
El altar mayor, es una magnífica mesa datada hacia 1200, en tiempos de Sancho VII, tallada en piedra con arquerías sobre columnillas con capiteles de pencas, que por sus características en forma de sepulcro rectangular y su largura de mas de 2.50 metros ( la parte original, no restaurado, mide mas), parece indicar que pudo usarse para sepultura de un personaje muy alto antes de usarse como altar. Hay una teoría que pudo traerse de San Nicolás antes de que se demoliera la iglesia románica para hacer una más grande. ¿Por lo tanto, estaríamos ante en el sepulcro de Sancho VII y que por sus características y al estar vacío lo transformaron en altar?
Capilla de San Juan Evangelista
Actualmente llamada de la Virgen Blanca y antes llamada de San Lorenzo.
Se ubica en el ábside correspondiente a la nave de la epístola. Un modesto retablo de San Juan Evangelista fue trasladado inicialmente al hueco existente al pie de la torre nueva. Actualmente se venera en esta capilla la talla en piedra románica de la Virgen Blanca, primitiva titular del templo, descubierta en 1930 detrás del retablo mayor.
La imagen, que data del siglo XII, es anterior a la catedral y tratándose de una talla románica exenta de gran tamaño, realizada en piedra por el mismo taller escultórico que trabajó en el claustro. Conserva parte de su policromía original y pertenece al modelo Sedes Sapientae. Parece ser la imagen en cuyo honor se realiza la Colegiata de Santa María (actual Catedral), ocupando el altar mayor hasta que se colocó en este lugar el retablo gótico hispano-flamenco. Se trata de una imagen relicario, ya que en su interior conserva un hueco en el que se custodiaban reliquias.
La monumental talla de la Virgen Blanca, con sus casi dos metros de altura, a diferencia de lo habitual en la imaginería románica, ofrece a su vez varios aspectos que remarcan su singularidad.
Su carácter diferenciado dentro de la tipología “Vírgenes de apoyo” por cuanto queda reforzada la relación afectiva entre madre e hijo, o asimismo las referencias formales clasicistas y de raíz bizantina, que hay que poner en relación con algunos de los capiteles del claustro de la Seo tudelana.
Dentro de la imaginería mariana navarra de su época, esta talla resulta excepcional por ser la única realizada en piedra. También por sus grandes dimensiones (190 cm. de altura) y su carácter de Virgen-relicario, ya que los dos grandes bloques pétreos que la forman custodian en su interior un receptáculo para reliquias, que contenía huesos envueltos en un tejido de tradición hispanomusulmana.
Además de esta talla hay dos sepulcros góticos, el adosado al muro de influjo flamenco, que encargó antes de 1418 el deán Sancho Sánchez de Oteiza – más tarde obispo de Pamplona – que finalmente fue enterrado en la catedral de Pamplona, aprovechándose su sepulcro para enterrar al deán Basilio de Carmago y Castejón (+ 1673), y una lauda sepulcral, fechada en 1390, de Richard Alexandris, canónigo de Tudela, limosnero de Carlos II de Navarra Evreux (1332-1349-1387) y rector de Aibar.