Capilla de San Antonio (o del Monumento)
Se sitúa bajo la torre nueva construida a partir de 1676, a los pies de la nave del Evangelio. Preside la capilla un retablo manierista de hacia 1630 con algunos repintes neoclásicos.
Los lienzos representan a San Bartolomé, San Bernabé, San Judas y un apóstol con libro en las calles laterales; el martirio de San Lorenzo en la calle central y otros en el ático. Todas ellas son pinturas tenebristas de mediados del siglo XVII con fuertes contrastes de claroscuro, destacando los marcos de los lienzos con decoración geométrica de gallones y rombos fuertemente resaltados. La talla de San Antonio que se encuentra en la hornacina central es moderna, de hacia 1950 cuyo autor es Antonio Loperena.
Capilla de Santo Tomás de Villanueva
Se localiza en el muro exterior del coro por la nave del Evangelio. Preside la capilla un pequeño retablo barroco de Santo Tomás de Villanueva con los escudos de los Baquedano y Eraso. Ocupa el cuerpo del retablo un buen lienzo del titular dando limosnas a un pobre, de Vicente Berdusán fechado en 1671.
Capilla del Santo Cristo Crucificado
Se trata de la antigua capilla del Cristo de la Cama que se abre a la nave de la Epístola y su construcción se llevó a cabo a partir de 1503. Se cubre con una bóveda gótica de crucería. El Cristo yacente de la Cama ha sido trasladado recientemente a la capilla de la Dolorosa y se ha colocado en su lugar una imagen de Cristo Crucificado – antiguo Santo Cristo del Trascoro – que se localizaba anteriormente en la capilla de San Martín. Se trata de una bella talla de principios del siglo XVII, heredera del Romanismo en lo que se refiere a la concepción de la belleza y a la anatomía, así como al tratamiento del paño de pureza de pliegues curvos.
Capilla de San Pedro
Construida en el siglo XVI, se localiza a los pies de la nave de la Epístola. Se accede a través de una reja del siglo XVI que ostenta las armas de Villalón. Es de planta rectangular, muy pequeña y se cubre por una bóveda gótica estrellada. Fue autorizada por el cabildo en 1545 a Bartolomé de Villalón, hermano del Deán don Pedro.Preside la capilla un pequeño retablo romanista del titular, del último tercio del siglo XVI. La hornacina central alberga la talla exenta de San Pedro, encuadrado por los relieves de San Bartolomé y San Pablo en las calles laterales. Todas estas figuras, de calidad discreta, presentan rasgos romanistas en actitudes, composiciones y ropajes. En el pavimento, adosado al muro norte, hay una cubierta de sepulcro gótico con la figura yacente de un obispo que, según Don Julio Segura Miranda, canónigo archivero de la Catedral de Tudela: En septiembre de 1263 fallecía el Deán don Lope Arceb de Olcoz, capellán del rey. Se enterró en el coro bajo una piedra sepulcral con su estatua yaciente, revestido de hábitos pontificales; en los extremos de la estatua había unos ángeles con incensarios en la mano. (Tudela Historia, leyenda, arte).
Capilla de San José
Se localiza en el muro exterior del coro por la nave de la Epístola, frente al tránsito al claustro. Anteriormente, estuvo dedicada a San Mauro. Preside la capilla un pequeño retablo barroco de hacia 1670.
En la hornacina central se encuentra una talla de San José, del siglo XVIII, y en el ático un lienzo de San Plácido de finales del siglo XVII.
Capilla de la Purificación de Nuestra Señora (o Virgen del “Pajarico”)
Se localiza junto a la capilla anterior, frente a la capilla de Cristo Crucificado. Preside la capilla un pequeño retablo de estilo rococó, de la segunda mitad del siglo XVIII. En la hornacina se venera una talla de la Virgen sedente con el Niño y con una paloma en su mano, obra romanista de finales del siglo XVI. Queda encuadrada por dos lienzos del siglo XVII con medias figuras de San Juan Bautista y San Francisco Javier.
