Ocupando prácticamente toda la crujía oriental del claustro, se encuentra la capilla mudéjar de la Escuela de Cristo que antiguamente estuvo bajo la advocación de San Dionís.
Su origen es posiblemente del siglo XIII incorporando una decoración de pinturas del siglo XIV o XV en las estructuras de madera que la cubren. Presenta planta rectangular cubierta por una armadura de madera. A los pies se localiza el coro, también mudéjar.
El frente de la capilla está ocupado por un pequeño retablo barroco del último tercio del siglo XVII de planta trapezoidal, que contiene en la hornacina central un busto relicario de San Dionís, del siglo XVII.
Encima del retablo se sitúa un Cristo Crucificado del siglo XV. Se conserva la antigua sillería gótica del siglo XV de la Escuela de Cristo que consta de 28 asientos adosados al muro.
En la sacristía de esta capilla se encuentra una buena talla de San Sebastián en alabastro policromado, de estilo gótico flamenco, de finales del siglo XV.
Esta capilla estaba considerada como la Sinagoga Vétula de la ciudad, pero historiadores han rechazado de plano esta posibilidad. Imposible, entre otras cosas, situar una sinagoga en un templo cristiano.
Su identificación como tal se debe a D. Francisco Fuentes, presbítero de la Catedral, cuya información es recogida con algunas dudas por Francisco Cantera en su obra Sinagogas Españolas (1955) , tras una visita realizada a la Catedral en el momento en que se estaban realizando las obras de restauración del Claustro.
Se fecha en el siglo XIV y es un gran salón de planta rectangular con cubierta de armadura de madera a doble vertiente. Presenta un pequeño coro o cantoría al que se accede por una escalera situada frente a la puerta de entrada.
Su construcción en gótico mudéjar y los paralelos sacados con el mudéjar toledano debieron ser los elementos que ayudaron a definirla como sinagoga, cuando es de gótico mudéjar de la región aragonesa, mucho más cercana y cuyos elementos decorativos nunca se han puesto en función de edificios hebreos.
Francisco Cantera asemejó los canecillos en proa de nave que sustentan el coro, con los existentes en las sinagogas de Toledo. Cuando este tipo de remate de la viguería es común en edificios nobles de época gótica en varias poblaciones aragonesas cercanas a Tudela.
Tiene paralelos cercanos la decoración esgrafiada que decora las paredes, restaurada en su mayor parte, similares en el Arco del Deán de Zaragoza y en las iglesias de Maluenda y Torralba de Ribota, de Aragón.
En esta capilla se conservan tres tablas pintadas de la cubierta del sotocoro, con iconografía de ángeles portadores de candelabros bajo arquerías entrelazadas y motivos heráldicos, y entre las metopas del alero aparecen motivos geométricos entrelazados y el anagrama IHS. Elementos que no pueden identificarse con la decoración de una sinagoga.
No tiene sentido la idea de ubicar aquí la sinagoga, desde el aspecto cronológico. Toda la decoración está fechada en el siglo XIV, cuando la judería está asentada en las laderas del castillo y no en esta parte de la ciudad. Y aunque Basilio Pavón en su teoría tuviera razón y se hubieran mantenido las dos juderías al mismo tiempo, el poder religioso cristiano en la Edad Media nunca hubiera permitido la existencia de un elemento de culto judío dentro de las dependencias de la entonces Colegiata.
El historiador Juan José Bienes comenta en su estudio sobre esta capilla a la que atribuyen como Sinagoga: J.L. Lacave (1992) opina que carece de sentido situar aquí la sinagoga, y Concepción García Gainza en el Catálogo Monumental de Navarra (1980), al tratar de la Escuela de Cristo, no hace el mínimo comentario.