Fue hasta hace pocos años la parroquia de Santa María la Mayor.
El 10 de febrero de 1737 los parroquianos de Santa María y San Julián, piden al Cabildo la unión de las capillas del Santo Cristo y la del Espíritu Santo que se había construido en la cabecera del claustro con entrada por el tránsito al claustro, acordándose de inmediato hacer la actual capilla, que se construye a partir de 1737 y quedando concluida su estructura e incluso sus yeserías al año siguiente.
De estilo barroco, la capilla se concibe como una planta combinada, con un tramo cubierto por bóvedas de arista y otro por cúpula ligeramente ovalada sobre pechinas, con linterna.
Sigue el modelo de la capilla de San Isidoro de Madrid. La esencia de esta capilla, más que por su estructura, viene dada por la rica y profusa decoración de yeserías. La ornamentación con figuras de yeso policromado de los apóstoles, los santos padres, ángeles y otras figuras se completa en el presbiterio con tres retablos, el del Espíritu Santo que preside la capilla (barroco de hacia 1659, con un gran lienzo de calidad de Pentecostés de la misma época), el del Santo Cristo del Consuelo (lado del Evangelio, barroco, de mediados del s. XVIII), y el de la Purísima Concepción (barroco, de 1743, que alberga en la hornacina avenerada la talla renacentista de la conocida Virgen del Ángel). En la entrada desde la nave se erige una portada de la misma forma que en la capilla de Santa Ana, concibiéndose como un arco de triunfo de medio punto encajado por machones a los que se añaden dobles pilastras sobrepuestas donde se sitúan cuatro apóstoles y en las enjutas, ángeles trompeteros. Remata la composición una hornacina bajo dosel que alberga a San Miguel.
En la sacristía de esta capilla se conserva un retablo plateresco de hacia 1550 dedicado a San José, con pinturas sobre tabla fechables en la época del retablo, de estilo manierista con colores tornasolados. La escena de la Virgen con el Niño entre las almas del Purgatorio, en el banco del retablo, destaca por su rafaelismo en el sentido del dibujo y búsqueda de belleza. Las pinturas del cuerpo y del ático presentan en cambio mayor conexión con lo flamenco, apreciable en el colorido más vivo y en el mayor realismo de los rostros, así como en los plegados y composición general de las escenas.